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石門村（tjaqaciljai）
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石門村為牡丹鄉政治、經濟、文化之中心，為牡丹地區人口最多，最具影響力的村落，牡丹鄉公所等公務單位及金融服務機構均設於此。
石門村現址原屬茄芝萊社族人的傳統生活工作領域，古稱為「tjaqaciljai」，在南排灣族語為「石頭」之意。原由「頂茄芝萊社(石門本部落)」及「外茄芝萊社(大梅部落)」兩個部落。百年前因大梅溪水暴漲，族人陸續遷移至石門村現址，日後有分別來自獅子鄉、春日鄉的排灣族人遷移至此，另有同為牡丹地區的女仍社居民、平地的閩、漢等相繼遷入，遂成此一繁榮的聚落，目前由「石門本部落」、「大梅部落」、「茄芝路部落」及「中間路部落」等4個聚落所組成。 |
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牡丹村（sinvaudjan）
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牡丹村位於牡丹鄉心臟地帶，是南排灣族傳統文化保存最完整的村落之一。排灣族語稱此地為「sinvaudjan」，意為「葛藤」之意。此一地名由來，承載著此地著名的神話傳說。
牡丹村原由「牡丹社」、「牡丹中社」及「女仍社」等3個部落人口組成，1935年受日本殖民政府集團移住政策遷移至牡丹村現址。後續有枋山溪流域之「varalji（馬拉地社）」部落遷居而來，及三地門鄉「tjukuvulj（德文社）」部份居民移入，形成現在的牡丹村，目前由「上牡丹部落」、「牡丹本部落」及「鐵線橋部落」等3個聚落所組成。 |
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東源村（maljipa）
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東源村由群山環繞，風景秀麗，為牡丹鄉自然資源、地理景觀最豐富的地區之一。東源村排灣語稱「maljipa（麻里巴）」，係因此地居民大多由枋山溪流域的maljipa部落移居而來，因此延用舊部落之名來稱呼此居住的家園。後因與牡丹系統的排灣族人互動頻繁，又稱之為新牡丹；直至民國34年才改稱為東源部落，劃屬牡丹村之行政範圍，民國45年正式獨立設立為東源村。
東源部落居民與牡丹居民同為排灣族，但因屬於不同之社群，其傳統文化（包括衣著及語言等）在牡丹鄉中具有其獨特性，與牡丹居民有著明顯不同。 |
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旭海村（macaren）
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旭海村座落於牡丹鄉最東側、海拔最低之處，緊鄰太平洋，是個依山面海的漁村型部落。本村舊名牡丹灣，排灣語稱「macaren」，為本鄉唯一濱海部落。
旭海村最初的開發，是由恆春半島斯卡羅（seqalu）族群率人來此開墾而定居於此。爾後，再有恆春阿美、平埔族馬卡道、閩南、客家等族群陸續來此開墾，最終形成一個族群自然融合聚落，是本鄉境內族群融合最鮮明的部落。 |
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高士村（kuskus）
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高士村，舊稱高士佛社，排灣語稱「kuskus」。它曾經是牡丹地區排灣族部落之中，最具影響力與代表性的部落。
日治時期，在此設有高士佛警察官吏駐在所、公學校及神社，是當時牡丹地區的政教中心。其管轄範圍不僅包含了牡丹全鄉，現隸屬於滿州鄉的長樂村（古稱八瑤部落）亦曾在它的管轄範圍之內。高士部落經過多次的遷徙，現今的高士村位於八瑤溪上游，可遠眺太平洋美景。
高士村多為世居高士佛山一帶的高士佛社族人，常能以高士部落之名迅速凝聚部落共識，為排灣族社會中少見的強悍部落。 |
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四林村（draki）
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四林村，昔日部落舊名為四林格社或西那格社，排灣語稱「stagi」，行政區域北與本鄉石門村相鄰，東接高士村，南與滿州鄉交界，是牡丹鄉最南疆的部落。
四林部落為牡丹地區古老的部落之一，曾屬於恆春半島琅嶠十八社，聚落原位於八瑤溪上游與四林格山鄰近一帶，因日本殖民政府執行「集團移住政策」，部落族人才遷移至四林村現址，形成「四林本部落」及「虎頭部落」，另有一部分的族人移居至現今滿州鄉長樂村。 |