高路／台鐵
| - 搭乘高鐵者，於高鐵左營站下車，再搭大鵬灣琉球線(9127-D)到東琉線碼頭站；搭乘火車者，至高雄火車站下車，皆可轉搭國光、屏東或高雄客運至東港(光復路口或屏客東港站)，再至東港碼頭，搭交通船到小琉球。
- 客運高雄乘車處：自立路。
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客運路線１(高雄出發)
| - 搭乘國光客運、高雄客運、屏東客運
- 乘車處：自立路
- 搭乘「高雄←→恆春、墾丁」班車(路線：高雄→小港→林園→東港)
- 車程約60至90分鐘
- 抵達東港(光復路口或屏客東港站)後再至東港碼頭(步行約10分鐘)，再搭交通船到小琉球
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客運路線２(屏東出發)
| - 搭乘屏東客運
- 乘車處：屏東火車站旁屏東客運總站
- 搭乘「屏東←→東港」班車(路線：屏東→公館→新園→烏龍→東港)
- 車程約45至60分鐘
- 抵達東港(屏客東港站)後再至東港碼頭(步行約10分鐘)，搭交通船到小琉球
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自行開車(南下)
| - 北部及中南部遊客，可經由國道一號高速公路南下，由小港機場出口沿省道十七號公路，往東港行駛即可抵達東港碼頭，再搭交通船到小琉球。
- 自行開車前往者，機車及自行車可隨人運至小琉球，汽車則須停靠於東港。
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自行開車(北上)
| - 自墾丁沿26號省道至枋寮、水底寮，再沿17號省道至林邊、東港，抵達東港後再至東港碼頭，搭交通船到小琉球。
- 自行開車前往者，機車及自行車可隨人運至小琉球，汽車則須停靠於東港。
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航空
| - 小港機場：轉搭國光、屏東、高雄客運至東港，再至東港碼頭，搭交通船到小琉球。
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